Quale potrebbe essere il problema se le bande non appaiono in Western Blot?

Quale potrebbe essere il problema se le bande non appaiono in Western Blot?
Anonim

Risposta:

Moltiā€¦

Spiegazione:

Ci sono molte ragioni per cui le bande potrebbero non apparire su una macchia occidentale. Le combinazioni di campioni e anticorpi hanno funzionato in passato?

Qui di seguito sono solo alcuni che posso pensare al momento che potrebbe causare bande non apparire:

  1. Il trasferimento di proteine dal gel? Prova a macchiare la membrana con qualcosa di simile a Ponceau S o amido nero per vedere se le bande sono presenti. A volte, puoi vedere le bande proteiche sulla membrana bagnandola e tenendola ad angolo rispetto alla luce.

  2. L'anticorpo primario funziona? Questo è difficile da testare e l'unico modo per farlo è includere un controllo positivo in cui sai di avere la proteina di interesse presente. Se hai alcune delle proteine di interesse potresti provare a individuarle sulla membrana del Western blotting (cioè non fai funzionare il gel) e vedere se ottieni un risultato se elabori la membrana come se fosse una macchia occidentale.

  3. L'anticorpo secondario riconosce l'anticorpo primario? Di nuovo, uno difficile da testare. L'unico test che puoi fare è il test a campione menzionato sopra in 2.

  4. Il "sistema di rilevamento" funziona? A seconda del metodo di rilevazione che si sta utilizzando, è possibile provare a spiking in alcuni degli anticorpi secondari per verificare se la soluzione di rilevamento e anche l'agente / l'enzima di attivazione sull'anticorpo secondario funzioni. Cioè, puoi attivare la reazione solo con l'anticorpo secondario?

Infine, potrebbe essere semplice come una delle soluzioni utilizzate durante il sondaggio della trama è stata creata in modo errato. Ad esempio, se la concentrazione di sale è errata nel buffer, ciò potrebbe causare il rilascio degli anticorpi dalla macchia. Lo stesso accadrebbe anche se il pH dei buffer fosse errato.

La causa "più strana" per un western blot che non ho lavorato personalmente è stata quando abbiamo cambiato il fornitore del latte in polvere che usavamo per bloccare la membrana. La polvere del nuovo fornitore conteneva una fosfatasi fosfotirosina che rimuoveva tutti i gruppi di fosfati che stavamo cercando di rilevare con il nostro anticorpo anti-fosfotirosina.